Agli inizi del 1900, una nuvola scura si posa sul Monte Itoi. Chiunque si avvicina sparisce solo per tornare qualche tempo dopo senza alcun ricordo dell'accaduto. Un giornalista, George, e sua moglie, Maria, vanno a investigare sul luogo. Di loro non si avranno più notizie per 2 anni, quando George fece ritorno da solo. Si rinchiuse in casa, e inizio a fare degli studi nella sua cantina. Non disse mai a nessuno ciò che era successo in quei due anni.
Nel 1988, 80 anni dopo, la nuvola è tornata e strani avvenimenti accadono nell'area circostante.
Un giorno, nella casa di un ragazzino di nome Ninten, un poltergeist possiede una lampada e una bambola, facendo in modo che attacchino chiunque. Ninten si ritrova a fronteggiarle da solo, e dopo aver salvato una delle sue sorelle dalla bambola, trova in quest'ultima un carillion, e facendolo partire sente una strana Melodia che tiene a mente. Dopo essere sceso al piano inferiore per controllare che sia tutto a posto, il padre chiama e Ninten gli racconta la situazione. Il padre consiglia a Ninten di andare nel seminterrato, dove troverà il diario del suo bisnonno, su cui ha preso appunti su dei poteri chiamati PSI, che a quanto sembra Ninten può usare.
Con questo diario in mano, Ninten esce di casa e scopre che in tutta la città è il caos: la figlia dei suoi vicini, Pippi, è stata rapita, gli animali dello zoo sono scappati, e animali e anche persone sono diventati aggressivi.
ok ci stiamo mettendo troppo
al negozio di animale scopre che è rimasto solo un canarino, il piccolo di Laura, una
inserire nome per un adulto di canarino, che appena riunita col figlio canta Seconda Melodia.
Dopo aver anche salvato Pippi dal vicino cimitero, il sindaco della città di Podunk chiede a Ninten di controllare la situazione allo zoo, dove nell'ufficio del guardiano trova una strana capsula che sembra essere la causa dell'agitazione degli animali. Da questa esce un essere alieno, Starman Jr., che scappa una volta sconfitto. Questo fa calmare gli animali, e una scimmia canta a Ninten una Terza Melodia.
Dato il caos, l'uscita da Podunk è stata chiusa, quindi Ninten per proseguire deve passare per una grotta.
In questa, però, trova solo una strana roccia rosa che sembra parlargli nella mente:
"Dov'è la coda di Dio?". Non sapendo cosa fare, Ninten consulta il diario del bisnonno, e lì trova la risposta:
"La persona dimenticata sulla nave che attraversa il paradiso".
Leggendo la risposta, il ragazzo viene portato in un luogo strano: una città con case a forma di conchiglie rosa, terreno fatto di nuvole e abitanti vestiti simili a maghi, uomini uccello ("Flying Men", possono essere reclutati e hanno il permadeath lol) di nome Magicant. Dopo aver esplorato la città si dirige nel Castello, dove incontra la Regina Mary. Questa gli racconta di non riuscire a ricordarsi una canzone, quindi gli chiede di cercare le otto melodie che la compongono. Con questa nuovo missione, Ninten si prepara a uscire da questo luogo, passando per una caverna. In questa trova un drago addormentato e un pesce che fa da guardia all'Amo d'Onice, che permette di andare a Magicant quando usato. Alla fine della grotta trova un Uomo Dimenticato, che si lamenta della sua vita che, a detta sua, non ha significato. Alla fine questo chiederà a Ninten di scordarsi di lui, e quando il ragazzino accetta, l'uomo scompare, liberando l'uscita della caverna.
Una volta uscito, Ninten si trova a sud di Merrysville, la città ad est di Podunk. Qui visita la scuola locale, Twinkle Elementary School, dove sente di un bambino, Lloyd, che si nasconde sul tetto perchè bullizzato. Ninten cerca di aiutarlo, ma Lloyd non vuole uscire dal secchio in cui si è nascosto finchè Ninten non gli porta un Razzo bottiglia prodotto da Sweet Little Factory a sud. Una volta portatogli l'oggetto, Lloyd prova a crearne altri nel laboratorio della scuola, ma finisce col far esplodere razzo e laboratorio.
Lloyd, trovato finalmente un amico, si unisce a Ninten.
Discutendo sul da farsi, Lloyd propone di usare un razzo della Duncan's Factory per rimuovere i massi che bloccano l'accesso alla Union Station, una stazione di treni.
Dopo aver fatto esplodere i massi e ora che possono usare il treno, i ragazzi si preparano a fare un giro e nella stazione della città di Reindeer incontrano un'anziana signora che ha trovato il cappello di una bambina, Ana. Promettendo di riportalo, i due si dirigono a Snowman, una città innevata tra le montagne. Ana abita in una chiesa lontana dal centro della città e, dopo un lungo cammino, giungono alla chiesa, dove Ana riconosce Ninten come il ragazzo che ha visto nei suoi sogni recenti, rivelando anche di avere gli stessi poteri di Ninten.
Ana, avendo trovato qualcun altro dotato dei sui stessi poteri, si unisce al gruppo.
Inoltre, la ragazza rivela che sua madre è sparita in circostanze misteriose.
Per arrivare a Snowman, Lloyd e Ninten sono dovuti passare per Spookane, che hanno trovato quasi deserta e piena di mostri, quindi i tre dicidono di andare a controllare la situazione.
La città vera e propria è deserta, salvo per un hotel con un singolo impiegato in cui decidono di riposare. Al loro risveglio, mentre fanno il check-out, l'impiegato si rivela un altro alieno, uno Starman, e attacca il trio.
Dopo aver sconfitto il nemico, il trio trova la gente della città che si è rifugiata in una piccola zona a sud-est, e la gente gli racconta del Villa Rosemary, in cui si dice nello scantinato si trovi un piano che suona da solo, e molti fantasmi.
Dopo aver attraversato la villa labirintica riescono a raggiunge il piano, che gli suona una Quarta Melodia.
Avendo finito i luoghi in cui andare in questa zona, i tre tornano alla Union Station, perchè dall'altro lato si trova lo Yucca Desert. In questo deserto trovano un cactus che sembra avere un volto umano, e che canta una Quinta Melodia. Continuando per il deserto trovano un'oasi in cui un ex soldato permette di fare giri in aereo. Dopo aver raccolto 10 biglietti, il soldato permette ai tre di usare il suo
CARRO ARMATO SIIIII con il quale giungono all'ingresso di delle rovine. Davanti a queste, però, trovano un robot gigante a bloccargli la strada: R7037, che riescono a sconfiggere solo grazie al carro armato, che purtroppo rimane disctrutto nello scontro :(
Nelle rovine abita una colonia di scimmie che sa parlare il linguaggio umano, ma mentono spesso.
Alla fine delle rovine c'è una seconda grotta con una roccia rosa, e Ninten coglie l'occasione per tornare a Magicant, per farlo vedere ai suoi nuovi amici e per raccontare alla Regina delle loro avventure.
All'uscita trovano il drago risvegliato, che sfiderà i tre in combattimento (nel gioco non si sveglia finchè Ninten non sarà al 25 che è un metodo caruccio per dire che si sveglia quando Ninten sarà più forte, I like that :D) e una volta sconfitto canterà loro una Sesta Melodia.
Uscendo dalla caverna, questa volta si ritrovano in una grotta vicino al deserto, e a poca distanza dalla città di Youngtown in cui (ironia della sorta) tutti gli adulti sono stati rapiti, lasciando i bambini a gestire la città. Qui Ninten e Ana imparano il potere del Teletrasporto. Così. A fine gioco.
Dopo aver attraversato la vicina palude, i tre si ritrovano a Ellay, una città metropolitana in cui si trova la Black Blood gang (bla-bla gang), una gang di ragazzacci violenti (che possono droppare come oggetti lanciafiamme(?)). Mentre girano per la città Ninten e compagnia trovano la Live House, un locale dove ci si può esibire cantando. Di fronte al locale ritrovano il soldato del deserto, che gli chiedi di ripagare i danni al carro armato, e poi entrano. I tre si mettono a cantare per gli spettatori ("
All that I needed was you", ne parlo dopo), ma a fine esibizione vengono confrontati da Teddy, il capo della B.B. gang, adirato per ciò che è successo ai suoi compagni. Teddy e Ninten si scontrano uno contro uno, ma Teddy riconosce la forza del ragazzino, e si propone di aiutarli nella loro missione.
Teddy, il bullo dal cuore d'oro in cerca di vendetta, si unisce al gruppo.
Teddy dice a Lloyd di non proseguire, in quanto il luogo in cui devono andare è troppo pericoloso per un ragazzino deboluccio come lui.
Ninten, Ana e Teddy si dirigono alle montagne vicine, che pullulano di strani esseri alieni che hanno causato la morte dei genitori di quest'ultimo.
Alla base è presente una casa il cui proprietario vende medicine per coloro che si avventurano nei monti ostili.
Dopo un lungo tratto di grotte, riescono ad arrivare al monte vero e proprio: il Monte Itoi.
Vicino all'uscita della grotta c'è una baita in cui un uomo si offre di curare gratuitamente chiunque passi per il monte, e i tre colgono l'occasione per riposarsi.
Mentre Teddy fa delle telefonate, Ninten e Ana esplorano la baita, ma Ana blocca la porta della stanza.
"Ninten... Per favore, resta con me."
"Cade il silenzio. Ti va di ballare?"
Dopo un lungo viaggio che sta per giungere al termine, i due condividono un ballo nella baita.
"Ninten... Tu mi ami?"
"Io ti ho amato da quando ti ho visto nei miei sogni..."
Teddy rientra nella stanza pronto per ripartire, ma all'improvviso si sento degli strani rumori. Fuori dalla baita R7038, la versione migliorata del robot a guardia delle rovine li attende, ma questa volta non sano come difendersi. La situazione si fa disperata. Il robot riesce a sopraffare tutti, e sta per dare il colpo di grazia, quando si sente un'esplosione.
"Diamine, ho mancato!"
Lloyd recupera i tre e li riporta a valle nel carro armato.
Ninten e Ana si risvegliano poco dopo, ma le condizioni di Teddy peggiorano, quindi il proprietario della casa si prende cura lui finchè non starà meglio. Lloyd rientra nel gruppo e si preparano a scalare di nuovo il monte.
Oltre la baita c'è un lago con una barca col motore rotto, ma Lloyd riesce a ripararla. Pilotando la barca, i tre finiscono in un mulinello, che li conduce in un laboratorio sotterraneo. arrivati alla fine di questo trovano un robot enorme.
Alla presenza di ninten, il robot inizia a parlare:
"IL MIO NOME È EVE. TI STAVO ASPETTANDO. IL MIO CREATORE È GEORGE... È STATO PORTATO AI CONFINI DELL'UNIVERSO, MA È RIUSCITO A TORNARE. SONO QUI PER PROTEGGERTI. QUESTO È IL MIO COMPITO."
Appena Eve finisce di parlare, i vetri del laboratorio si rompono, e tutti e quattro riescono a tornare a riva. Eve si rivela un'alleata potentissima, riuscendo a sconfiggere tutti i nemici in un colpo, e permettendo una scalata facile al gruppo.
Quando arrivano alla cima, però, vengono bloccati da R7038XX, la versione ancora più migliorata di R7038. I due robot si scontrano e Eve viene distrutta. L'esplosione causata, però, riesce a sconfiggere definitivamente l'altro robot.
Controllando i resti di Eve, una Settima melodia inizia a suonare.
Manca poco alla cima e alla nube nera, e i tre ragazzini riescono a finire la scalata. Ma non è finita.
Qui trovano uno spiazzo con una grotta bloccata da roccie, e una tomba. Impossibilitati ad andare avanti, decidono di controllare la tomba, la cui unica iscrizione leggibile è
"George..."
In quel momento, un cristallo esce dalla lapide, e inizia a parlare:
"Ninten, benvenuto...
Ho sempre creduto che prima o poi saresti arrivato quassù.
L'amore della tua bisnonna, Maria, è stato separato...
Separato sotto forma di melodie.
Ho una melodia per te. Ascolta e ricordala..."
Il cristallo emette un'Ottava Melodia.
Poi, si spezza e i frammenti smettono di brillare.
Ora che hanno tutte le melodie, i tre tornano a Magicant per cantarle alla regina Mary.
Dopo essersi ricordata la canzone, inizia a raccontare ai ragazzini:
"Oh! Giygas! Lo amavo...
Lo amavo come se fosse il mio vero figlio...
Scodinzolava sempre come un cucciolo, tranne quando gli cantavo delle canzoni...
Ahhh... George, qui è tua moglie, Maria.
Sto per raggiungerti. Il mio compito è finito."
A quel momento, Maria e Magicant si volatilizzarono.
Magicant era un miraggio. Un miraggio nato dal subconscio di Maria.
Ninten, Ana e Lloyd tornano sullo spiazzo del monte.
La grotta ora è aperta.
Entrando, trovano una grotta secondaria con tutti gli adulti di Youngtown e la madre di Ana in delle capsule.
Per liberarli, però, bisogna sconfiggere colui che controlla la nave madre.
Quindi, proseguono sulla cima del monte.
Qui si trovano davanti la nave madre.
Mostra allegato 6870 Mewtwo sei tu?
Un essere umanoide, grigio, con una coda e orecchie da gatto si avvicina in una capsula. Giygas inizia a parlargli.
"Ninten! Sono grato alla tua famiglia."
I ragazzini cercano di colpirlo, ma è inutile. La capsula lo protegge da ogni danno fisico.
"I tuoi bisnonni, George e Maria, mi hanno cresciuto."
Giygas continua ad attaccarli con attacchi dalla natura incomprensibile.
"Ma, George ha rubato informazioni vitali dal nostro pianeta, che possono essere usate contro il mio popolo...
E ora, uno dei sui discendenti cerca di fermare di nuovo i nostri piani. Ninten, parlo di te!
Ora tornate a casa, e perite con il resto dei terrestri!
Sciocchi, non potete nulla con i vostri miseri poteri. Poteri degni di un piccolo insetto."
Ninten sente la voce di Maria...
"Giygas non può essere sconfitto con la forza. Dovete cantare. Cantate la mia canzone con tutto il cuore..."
Ninten, Lloyd e Ana si preparano.
"Ninten! Solo tu, potrei salvarti. Solamente tu. Sali sulla Nave Madre con me.
Poi, vai a nanna con it tuoi amici e il resto dei terrestri."
Iniziano a cantare.
Ma Giygas li ferma ogni volta.
"Smettetela di cantare."
Loro continuano.
"SMETTETELA di cantare!"
E continuano.
"FINITELA! Finitela con quella canzone!"
E ancora.
"BASTA!! BASTA CON QUELLA CANZONE!"
E ancora di più.
"Stupidi insetti terrestri! Zitti e smettetevela di cantare!"
Non si fermano.
"La canzone..."
Continuano.
"SMETTETELA!"
Pensano a tutti i loro cari, Teddy e i loro amici, e continuano.
"!!!!!"
Lloyd si mette a cantare con tutto il cuore.
"Smettetela... Vi prego, smettetela!"
Ana si mette a cantare con tutto il cuore.
"!!!!!!!"
Ninten si mette a cantare con tutto il cuore.
Giygas si ricorda della sua infanzia.
Della canzone che sua madre Maria gli cantava sempre.
"Take a melody...
Simple as can be...
Give it some words and
Sweet harmony.
Raise your voices,
All day long now, Love grows strong now
Sing a melody of
Love, oh love"
Giygas torna in se.
".......
Come ho fatto ad essere sconfitto da una canzone del genere?
Io... Prima o poi...
NINTEN! NOI CI INCONTREREMO DI NUOVO!"
La Nave Madre riparte.
Ninten, Ana e Lloyd si allontanano.
Gli adulti vengono liberati.
Gli adulti di Youngtown tornano dai loro bambini.
Teddy, tornato in salute, canta quotidianamente alla Live House.
Ana ritorna insieme a sua madre a casa.
Lloyd viene acclamato come un eroe a scuola.
E Ninten, dopo il lungo viaggio, si gode il meritato riposo.
*ring ring*
So che quel ragazzo è in casa. Avanti figliolo, rispondi al telefono. È successo qualcosa di nuovo...