Quello è un altro discorso.
Ricapitolando:
1) gli amici li hai registrati nella tua console, e lì rimarranno, a prescindere dai giochi che usi;
2) per tornare nel safari amici, adesso che hai X, devi poter andare a Batikopoli;
3) in qualunque momento puoi aggiungere e vedere gli amici, andando nel menu apposito del 3DS (fuori del gioco, quindi).