Come ti ha detto Dex, Rayquaza in Rubino Omega e Zaffiro Alpha è una cattura obbligata, anche se lo sconfiggi riappare immediatamente e devi riaffrontarlo. Comunque se sconfiggi Deoxys nello spazio, puoi farlo riapparire in cima alla Torre dei Cieli sconfiggendo di nuovo la Lega, quindi non preoccuparti di catturarlo la prima volta, ti consiglio di prenderlo poi con comodo dopo.