Per distinguere i Pokémon scambiati quando due allenatori hanno lo stesso nome, lo stesso ID e lo stesso sesso.
Se anche il Secret ID fosse uguale, il gioco non distinguerebbe fra i Pokémn catturati e quelli scambiati.
Inoltre, pare che abbia a che fare anche nella determinazione della caratteristica shiny di un Pokémon, ma non ho capito come.