Le uniche differenze sono il fatto che in SS si ottiene Lugia prima di Ho-oh mentre in HG è il contrario (e variano le scene prima della loro apparizione, credo) e i Pokémon esclusivi.
Gli esclusivi di SS sono Vulpix, Meowth, Ledyba, Teddiursa, Delibird, Skarmory, Mawile, Gulpin, Groudon e relative famiglie.
Gli esclusivi di HG sono Mankey, Growlithe, Spinarak, Gligar, Mantine, Phanpy, Sableye, Baltoy, Kyogre e relative famiglie.