Hai ragione, benchè debba riconoscere che oggettivamente non sia facile capirti.
Se la rom si chiama smeraldo.gba, i due salvataggi devono chiamarsi smeraldo.sa1 e smeraldo.sa2, NON smeraldo.sav. Se vuoi provare dopo aver copiato un salvataggio smeraldo.sav, devi rinominare entrambe le copie.
Lancia una prima volta il VBA Link, disattiva Options/Emulator/Pause when inactive window.
Lancia una seconda volta il VBA link, disattiva Options/Emulator/Pause when inactive window ed imposta Options/Joypad/Default Joypad a 2. Quindi configura (Options/Joypad/Configure/2) il Jopypad 2 con dei tasti diversi da quelli usati nella prima copia lanciata.
Ora sei a posto, carica la stessa rom sia nel primo VBA link aperto, sia nel secondo. Saranno letti rispettivamente i file .sa1 e .sa2 anche se, a prima vista, essendo l'uno copia dell'altro, non noterai differenze.